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风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂?斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得…
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由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和神秘杀手近藤（香川照之 配音）将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤…
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在某个临海小镇，隶属魔导士公会下设分支机构“妖精的尾巴（Fairy Tail）”的纳兹·多拉格尼尔（柿原彻也 配音）、露西·哈特菲利亚（平野绫 配音）、格雷·佛尔帕斯塔（中村悠一 配音）等人接受委托，前来捉拿某盗贼团头领基斯。经过一番激战，虽然纳兹等人消灭盗贼团的大多数成员，可是基斯还是在露西面前溜走。心灰意冷的众人回到总部，露西…
