2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子召集巴特、陀古萨等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机…

圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛，其身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的…

故事内容围绕着拥有着直死之魔眼的少女以及许多魔术师之间的纠葛。 本故事背景和TYPE-MOON的同人游戏《月姬》有共通的世界观，比方说，主角两仪式的特殊能力“直死之魔眼”和《月姬》主角远野志贵所拥有的能力相同。　　经过冗长的昏睡之后，两仪式终于再次苏醒。 　　那次事故的后遗症就是这双眼睛，可以看到事物的死的眼睛。 持有这种可以将一…